Чтобы написать такую систему тебе пригодятся знания одного из языков программирования: javascript или C#. А также знания для работы с языком запросов SQL и базой данных.
Я не знаю твоего уровня поэтому сложно что-то конкретное подсказать. Это как вопрос "Как построить дом?".
Если в общем, то у тебя где-то описаны все существующие фракции, например, в отдельной таблице в базе данных. У каждого аккаунта игрока есть свойство - id фракции к которой он принадлежит и уровень в этой фракции. В зависимости от наличия этих свойств определяется к каким командам или возможностям фракции у игрока есть доступ.